問題一：我國一些大型國有物流企業(yè)在長期的歷史發(fā)展過程中，逐漸培育出有“中國”二字的知名商標(biāo)品牌，像中國外運(yùn)，但商標(biāo)局根據(jù)《商標(biāo)法》不給予商標(biāo)注冊(cè)，但在香港，在國外可以注冊(cè)“中國”二字的商標(biāo)。這就造成一旦商標(biāo)遭受侵犯，卻得不到法律保護(hù)，造成國有品牌的流失。

　　問題二：隨著國外物流巨頭進(jìn)入中國市場(chǎng)，對(duì)國內(nèi)物流企業(yè)的兼并收購也越演越烈。國家對(duì)具有關(guān)鍵性、戰(zhàn)略性的物流資源，如港口、船隊(duì)等沒有法律保護(hù)措施，很難限制國外物流巨頭控制國內(nèi)物流市場(chǎng)，但我國的大企業(yè)到國外搞兼并收購卻諸多受到限制。

　　問題三：在一些地方物流園區(qū)的招商引資中，地方為了自身的利益，在納稅、土地等方面往往給予國外物流企業(yè)高于國內(nèi)物流企業(yè)的優(yōu)惠待遇，這對(duì)國內(nèi)物流企業(yè)很不公平，不利于國內(nèi)物流企業(yè)的發(fā)展。

　　問題四：大的現(xiàn)代物流企業(yè)必須實(shí)行高度一體化經(jīng)營，集中簽署合同，在全國修建成千上萬個(gè)操作點(diǎn)，提供倉儲(chǔ)管理、銷售服務(wù)、貨物監(jiān)管等服務(wù)，通過網(wǎng)絡(luò)化運(yùn)營和規(guī)模取得效益。但是，根據(jù)目前工商管理部門的規(guī)定，各地做業(yè)務(wù)必須設(shè)立獨(dú)立的法人公司或獨(dú)立的經(jīng)營分公司，分公司以下不能設(shè)任何機(jī)構(gòu)。這樣在一個(gè)城市的幾個(gè)區(qū)域有業(yè)務(wù)，就要設(shè)幾個(gè)分公司或法人公司，在全國有上萬個(gè)操作點(diǎn)，就要設(shè)立上萬個(gè)分公司或法人公司。既不經(jīng)濟(jì)，也不現(xiàn)實(shí)。這種規(guī)定限制了大企業(yè)發(fā)展，其結(jié)果將導(dǎo)致到處是“小公司”，形成不了大企業(yè)集團(tuán)應(yīng)有的規(guī)模經(jīng)濟(jì)效應(yīng)。

　　問題五：按現(xiàn)行營業(yè)稅稅率規(guī)定：運(yùn)輸、裝卸、搬運(yùn)這三類企業(yè)的營業(yè)稅稅率為3%，倉儲(chǔ)、配送、代理這三類企業(yè)的營業(yè)稅稅率為5%，各環(huán)節(jié)稅率不統(tǒng)一。現(xiàn)代物流企業(yè)是靠為客戶提供整體優(yōu)化物流方案，通過對(duì)運(yùn)輸、裝卸、倉儲(chǔ)配送、代理等服務(wù)的整合，為客戶節(jié)省總的物流成本來獲取服務(wù)收入。由于目前沒有統(tǒng)一的物流產(chǎn)業(yè)管理辦法和“物流稅率”，運(yùn)輸、倉儲(chǔ)等各單項(xiàng)業(yè)務(wù)稅率不同，抵扣稅費(fèi)政策也不同，物流企業(yè)就要與客戶分別簽署各項(xiàng)業(yè)務(wù)合同，分別收費(fèi)和開具發(fā)票，這樣做根本不符合物流企業(yè)業(yè)務(wù)的客觀實(shí)際需要，給全程物流作業(yè)帶來了障礙，限制了現(xiàn)代物流企業(yè)的真正發(fā)展。